staintools工具原代码是没有GPU加速的,代码链接
运行速度较慢,因此,github上有研究者写了pytorch加速版本的staintools
本篇主要讲GPU加速版本的staintools工具的使用教程。
1.背景
目前的公开数据库中的WSI是由不同研究机构制作上传的,这导致WSI有很大的颜色差别,例如:
而颜色的不同会影响深度学习模型的结果,因此,对图片进行染色归一化。
2.staintools工具算法
staintools工具的原理用一句话概括就是:选择一张染色比较成功的图片作为模板,将其他所有图片处理成与模板图片一样的颜色空间。对此,statintools提供了三种算法:Vahadane、Reinhard、Macenko。大家主要用的是Vahadane,我自己没有详细研究这三个算法的区别,我就运行了几例,没有看出太大区别之后,就直接用的Vahadane算法。
demo中