1935年9月7日，红二十五军到达陕北革命根据地的保安豹子川，9月18日，到达延川县永坪镇，程子华被吸收为中共中央北方局驻西北代表团成员。代表团下令取消西北工委，成立陕甘晋省委，改组西北军委，将刘志丹等陕甘、陕北红军负责人排挤出主要领导岗位。

正值国民党军队陕北革命根据地发动第三次“围剿”的紧急时刻，王明“左”倾机会主义路线推行者主观武断地认为陕甘红军和根据地的领导者是“右派”、“反革命”，从而进行了为时两个月的肃反运动。9月21日，陕甘晋省委发出“更加猛烈地反对反革命的右倾取消主义”指示，决定建立政治保卫系统，颁布赤色戒严令，并派人分别到前方和陕甘边逮捕干部。

1935年10月初，劳山战役刚结束，中共主要北方局驻西北代表团遂以指挥北线作战名义调刘志丹回瓦窑堡。刘志丹行至安塞真武洞时，路遇赴前线传达命令的通讯员，从陕甘晋省委给前线的指示信里看到逮捕红二十六军和陕甘边领导人名单，他亦名列其中。为是陕北革命根据地不致丧失，他以原样将信件封好，嘱咐通讯员送往前线，自己星夜驰至瓦窑堡，以图说服省委制止肃反。10月6日凌晨，刘志丹刚进入省委大院，即遭保卫局逮捕。前线遂将高岗、习仲勋、杨森、杨琪、刘景范、马文瑞等高级干部秘密逮捕押至瓦窑堡保卫局，并红二十六军营以上、陕甘边苏维埃政府区以上领导干部及国统区过来的青年知识分子200人杀害。

刘志丹等60余人关押西北保卫局（原汇川通商号，今子长县副食公司院）。保卫人员给他戴以重镣，爬宽不盈尺砖壕，用灌辣椒水、做老虎凳等手段昼夜审讯，索取口供。

大规模的捕杀使陕北苏区陷入人人自危的恐慌之中，引发了陕甘、陕北红军与二十五军间的误解，陕北革命根据地面临严重危机。

中央红军到达吴起镇后，毛泽东从赤安游击队队长张明科等人反映的情况获悉陕北正在肃反，且处于步步升级之中，于是派罗迈、贾拓夫带一个连队和无线电台作为先遣队找寻陕北红军和刘志丹。罗迈等在甘泉下寺湾遇到前来迎接中央红军的郭洪涛、程子华，得知刘志丹等关押瓦窑堡，随即通过电台向中央作了汇报。党中央下令：停止逮捕、停止审查、停止杀人，一切听候中央来解决。并指示王首道（中央保卫局长）、贾拓夫（中央军委总政破坏部部长）、刘向山等先行到达瓦窑堡接管西北保卫局，以防止事态发展恶化。10月13日，王首道一行到达瓦窑堡，传达了中央命令，接管了西北保卫局。11月7日，中央机关进驻瓦窑堡，并于当天下午首批释放刘志丹、习仲勋、杨森、杨琪、张秀山、刘景范、任浪花、孔令甫、高景纯、赵启明、胡彦英、黄罗斌、郭宝珊、高朗亭、高岗、朱奎、王聚德、王家娃（刘志丹警卫员）等18人。

西北中央局组成党务委员会审查错误肃反，董必武任主任，王首道、张云逸、罗迈、郭洪涛为委员。委员会审查了戴季英（西北保卫局局长）提供的案卷并进行了广泛的调查，认为刘志丹等不是“右派”、“反革命”，强加的罪状不能成立。11月26日，中央组织部在瓦窑堡第二高小召开平反大会，洛甫主持，博古、邓发、张浩、朱理治、聂鸿钧、戴季英及党务委员会长远和陕北部分干部参加。王首道宣读《西北中央局审查肃反工作的决定》，指出：刘志丹等人是无罪的，应予以平反，重新分配工作。刘志丹在会上发言：这次肃反是错误的，同志们受了委屈，我们相信中央会弄清是非，正确处理的；也相信犯错误的同志会认识错误，改正错误，更希望受委屈的同志顾全大局，团结一致，共同对敌。会上由王首道宣读中央《关于戴季英、聂鸿钧二同志在陕甘区域肃反工作中所犯错误的处分决议》，决定给戴季英以最后警告、聂鸿钧以严重警告处分。

毛泽东、周恩来到达瓦窑堡后，听取了王首道处理肃反事件的汇报，严肃指出：“逮捕刘志丹同志是完全错误的，是 ‘疯狂病’应立即予以释放。”（中共子长县委党史研究室供稿）