6月13日，以色列对伊朗发动大规模空袭，造成多名高级军事指挥官和核科学家死亡。美国《纽约时报》报道，伊朗领导层误判了以色列的行动，未做好防御准备。以色列情报机构摩萨德渗透程度超出伊朗预料，导致伊朗未能有效应对。

CNN披露，以色列花费数年时间策划此次袭击，特工将导弹部件和无人机秘密运入伊朗境内，从内部削弱了伊朗的防御能力。接近伊朗领导层的官员透露，伊朗政府认为以色列会在美伊核谈判失败后采取行动，未曾料到以色列会提前动手。这种自满情绪导致伊朗忽视了预防措施。

《纽约时报》称，袭击发生时，许多伊朗高级军事指挥官未进入安全屋，而是回到家中。伊斯兰革命卫队航空航天部队司令阿米尔-阿里·哈吉扎德及其高级幕僚在德黑兰一处军事基地举行紧急会议，最终在袭击中丧生。以色列袭击了至少15个地点，包括雷达、防空系统、弹道导弹仓库以及纳坦兹的一处核设施。伊朗官员在私人通信中表达了对防空系统失效的愤怒，并批评政府的误判和防御失败。

伊朗商会能源委员会成员哈米德·侯赛尼表示，这次袭击让领导层措手不及，暴露了伊朗缺乏适当的防空系统。以色列情报机构对伊朗的渗透也达到了新的高度。CNN援引以色列安全官员的消息称，摩萨德在德黑兰附近建立了自杀式无人机基地，这些无人机打击了伊朗的地对地导弹发射器。摩萨德还通过车辆将精确制导武器偷运到伊朗中部，摧毁了伊朗的防空系统，使以色列获得了制空权。

华盛顿研究所高级研究员霍利·达格雷斯指出，多年来摩萨德一直在伊朗进行暗杀和破坏活动，以色列在这场影子战争中占据上风。鉴于伊朗防御和导弹打击能力遭到严重破坏，伊朗最高领袖哈梅内伊面临艰难抉择：是继续升级冲突还是退让。伊朗已作出回击，对以色列发动导弹和无人机打击，但最初计划因导弹基地受损而未能实施。

据伊朗媒体确认，伊斯兰革命卫队总司令萨拉米和武装部队总参谋长巴盖里在袭击中丧生。初步统计显示，有6名核科学家身亡，以色列国防军则宣称有9名核科学家死亡。非官方统计显示，以色列空袭已造成78人死亡、329人受伤。针对以色列的袭击，伊朗发动反击，声称成功对数十个目标实施了“毁灭性精确打击”。半岛电视台报道，伊朗的反击已造成以色列至少4人死亡，数十人受伤。伊朗最高领袖哈梅内伊发表声明，称将采取武力行动“彻底摧毁以色列政权”，以色列国防部长卡茨则威胁称，如果伊朗继续发射导弹，“德黑兰将化为火海”。