当地时间13日凌晨，伊朗首都德黑兰传出连续爆炸声。随后以色列国防部证实，以色列对伊朗发动了打击，并宣布以色列全国进入紧急状态。当日，以色列关闭了领空，暂停所有往返以色列的航班。以色列航空公司宣布从特拉维夫本-古里安国际机场撤离旗下飞机，预计该机场将在即将到来的周末继续关闭。

同日，伊朗也宣布关闭领空，暂停德黑兰伊玛目霍梅尼国际机场的航班起降。随后，多地航空公司陆续表示已暂停往返以色列和伊朗地区的航班。

俄罗斯国际航空公司发布公告称，鉴于伊朗领空关闭，为确保飞行安全，莫斯科与德黑兰之间的航班全部取消。莫斯科往返阿联酋迪拜、阿布扎比、卡塔尔多哈（包机）及马尔代夫首都马累的航班航线将调整，改道经巴基斯坦领空绕行伊朗等。所有航线调整将持续至民用航空器飞行安全完全恢复为止。

迪拜航空暂停飞往安曼、贝鲁特、大马士革、伊朗和以色列的航班。荷兰皇家航空公司取消所有飞往特拉维夫的航班，至少持续到7月1日。卡塔尔航空公司暂停所有前往伊朗和伊拉克的航班，恢复时间待定。塞浦路斯机场方面负责人表示，大约25班次往返以色列和塞浦路斯拉纳卡和帕福斯机场的航班被取消。同时，20班次从欧洲和美国前往中东地区的航班备降至拉纳卡和帕福斯机场。机场方面已经启动危机管理，妥善安置旅客。

约旦民用航空管理局宣布临时关闭约旦领空，暂停所有进出和过境航班运行。多家航空公司取消了飞往黎巴嫩首都贝鲁特机场的航班。科威特民航总局宣布，科威特国际机场部分航班将改道、取消或重新安排。伊拉克交通部发表声明称，受地区安全局势紧张影响，伊拉克已于13日凌晨开始逐步清空伊拉克领空内所有进出境及过境航班，将继续全面暂停该国境内所有机场的航班运营，并关闭领空直至另行通知。

汉莎航空集团更新其在中东的航班时刻表，暂停飞往特拉维夫本·古里安机场的航班直至7月31日。瑞士航空往返特拉维夫的航班也将暂停，直至夏季结束即10月25日。法航荷航集团因以色列的安全局势和领空关闭，被迫取消往返以色列的航班，直至另行通知。匈牙利廉价航空公司Wizz Air也向乘客通报航班取消和中断的情况。