2003年4月25日，王岐山代市长来小汤山检查工程进度，他看到工地上的工人们不顾施工条件艰苦顽强拼搏，十分感动，一再强调“要保护好施工工人，他们躺在草地上可不行，要紧急调运毛毯和纯净水到工地。”当天下午，4000条毛毯、5000箱矿泉水就被紧急调送到了工地。

2003年4月27日非典治疗区病房通水通电，4月28日因大雨，很多集团建设都只有停工，惟独昌平的建筑工人和干部们冒雨施工。

4月30日工程通过验收交付使用。

2003年4月30日下午6点，随着驻守军方戒严令的发出，所有施工工人全部撤出工地，军方正式接管。当夜，先期到达的北京军区、沈阳军区、济南军区等7支医疗队伍共339名医护人员在小汤山疗养院大厅等候。20时30分， 解放军白求恩军医学院院长张雁灵被任命为小汤山非典定点医院院长兼党委书记。

2003年5月1日小汤山非典收治定点医院正式启用，23时，救护车从小汤山非典医院开出，接入首批156名患者。

2003年5月5日，全国各地114所军队医院的1200名医护人员分三批全部抵达。这是北京非典疫情由严峻走向缓和的转折点。

2003年5月1日到19日，医院共接收13批680名患者。

2003年6月20日10时05分，最后一批18名非典患者康复出院，此时距离小汤山非典医院正式接治非典病人只有50天，到了该给这所世界上收治非典病人最多的传染病医院贴封条的时候了。

2003年6月23日清晨，小汤山医院医疗队员从北京撤离。小汤山医院随之封闭。

医院非典病房区占地122亩，其中建设用地60亩，建筑面积25000平方米，可容纳1000张病床。 建成东、西区两部分，两区各包含6排可快速搭建的复合轻钢板材料建造的病房，均为搭建的临时建筑。非典病房区总体划分为22个病区，508间病房，其中东区216间病房，西区292间病房。小汤山非典医院是当时世界上最大的传染病防治医院。

整个医院病房区划分为东区（疑似SARS感染者）和西区（SARS感染者）两个治疗区，中间有条马路隔开，尤其为了防止医护人员被传染，治疗区内设有医护人员专用通道，将医护人员与患者彻底隔离。

当时北京市政府将这所医院命名为“非典”定点医院，而部队则将其定位为一所拥有1000张床位的野战医院。“也就是说，医院的房子有些简陋，但是里面的监护仪、CT设备、呼吸机等都是非常先进的。”时任小汤山“非典”医院医务部主任王海涛介绍，为此，部队还专门新增了一个番号：中国人民解放军小汤山医院。

小汤山非典医院病房东西两区又各分成了南、北两部分：南侧是X光室、CT室、手术室，北侧为重病监护室、接诊室和检验科，必须配备全套的治疗设施。而每间病房也有特殊要求：大约15平方米的病房必须设有独立卫生间及浴室，除氧气、呼叫和照明外，还有预留了电话、电视、空调等接口界面。

此外，小汤山非典医院也按照一级传染病医院的要求，安装各项配套防护设施。比如，双层玻璃送饭口、空气过滤处理设施、氧气和真空吸引集中供应设施、紫外线消毒灯等。

小汤山非典医院甚至还专门设置了氧气站、停尸房、焚烧炉、化粪池，消毒系统、呼叫系统、吸引系统、氧气管线系统、污水处理系统、生活供应中心、液化气供应站、雨罩、隔离等设施。

在废弃6年的时间里，再也没有任何病人或医护人员进入过这家医院。

医院里散落一地的医疗设施仿佛在诉说着它昔日的辉煌。

曾经在这里并肩作战的医护团队如今有很多又踏上了新冠病毒的防疫战。

2020年1月，新冠爆发，北京小汤山医院开始重建。

2020年1月28日小汤山医院启动修缮工程 ，重建完成后医院将成为集康复医疗、康复疗养、健康管理、综合医疗等以康复治疗和慢性病为主的三级综合医院。

2020年3月15日，小汤山医院医疗设备就位。

2020年3月16日北京市疫情防控领导小组决定起启用小汤山医院，主要用于境外来（返）京人员中需筛查人员、疑似病例及轻型、普通型确诊患者治疗。

小汤山医院再次重生。