以色列与伊朗之间的冲突持续了12天，最终在6月24日双方宣布接受停火后告一段落。停火后，以色列及耶路撒冷的局势逐渐恢复平静。以色列本土守备司令部调整了公共安全防御指南，解除了对全国大部分地区的集会等活动以及工作场所的所有限制。本-古里安国际机场也恢复全面运营，并取消了对进出港航班数量以及每架航班乘客人数的限制。

然而，实现这一停火的过程并不顺利。6月24日凌晨，美国总统特朗普宣布以色列和伊朗已同意全面停火，并于当天早晨7时生效。根据协议，伊朗首先启动12小时停火，之后以色列确保接下来的12小时停火，24小时后冲突正式结束。但在停火前，以色列再次对德黑兰市中心等地发动空袭，发射了100多枚弹药，造成数百名伊朗安全部队及巴斯基民兵组织成员死亡，还摧毁了军事研究中心和武器生产基地。随后，伊朗向以色列发射大约15枚导弹，导致4人死亡，多人受伤。以色列国内大范围拉响防空警报。

尽管如此，以伊双方最终确认停火。以色列总理办公室发表声明称，以色列同意停火，认为已经消除了伊朗核武器和导弹对以色列的双重威胁，但如果伊朗违反停火协议，以色列将予以强烈回应。然而，停火不久后，以色列称遭到伊朗两枚导弹袭击，伊朗予以否认。以军随后空袭并摧毁了德黑兰附近的一个雷达阵地，停火一度出现破裂迹象。但所幸此后双方没有再发生新的交火。

6月24日稍晚，以色列总理内塔尼亚胡与美国总统特朗普通话后，以色列决定不再对伊朗发动进一步袭击。特朗普曾公开表达了对以色列的不满，称以色列违反了停火协议，并强调伊朗将永远无法重建其核项目。以色列媒体指出，停火能否持续仍需谨慎观察。