以色列13日空袭了伊朗多处军事与核设施，日本政府对此高度关注。日本内阁官房长官林芳正表示，将全力保护滞留伊朗的日本侨民安全，并通过外交努力防止局势进一步恶化。

林芳正在记者会上表示，日本政府正在确认事实情况，致力于确保在外日本人的安全，并持续展开必要的外交努力以防止事态恶化。日本首相石破茂紧急召见外务省官员，听取最新中东局势汇报。防卫大臣中谷元指出，中东局势持续动荡，防卫省与外务省将密切合作，作出妥善应对。

经济产业大臣武藤容治提到，中东对全球能源供应至关重要，目前尚未对日本能源产生实质影响，但需保持高度警惕。根据日本外务省数据，截至2024年10月，共有314名日本人滞留伊朗。外务省发布了针对伊朗全境的危险信息，与巴基斯坦、伊拉克接壤的边境地带维持最高第4级“建议撤离”，首都德黑兰等部分地区目前是第2级，呼吁日本人不要做不必要停留。