明朝法定的最高行政长官是六部尚书，直接对皇帝负责，内阁不得挟制。但是到了嘉靖、万历时期则发生了变化，内阁插到了皇帝和六部之间。到张居正创行考成法，以内阁控制六科，以六科控制六部，更是明显地凌驾于六部之上，取代了吏部、都察院的部分权力。

值得注意的是，内阁与闻大政，操纵部权，得到了皇帝的认同。万历十一年(1583年)，御史魏允贞疏陈救弊四事，首条即为阁臣不得干预吏、兵二部事。首辅张四维当即疏辨云：“今因前臣(指张居正)行私，而欲臣不必与闻吏、兵之事。臣良获优逸，将使主上日焦万机，与百司相酬应乎?”神宗当即答复：“阁臣辅理，自当与闻大政。”因此，从明代起，一个普遍的看法是，这一阶段内阁首辅“无宰相之名，行宰相之实”。

内阁，特别是首辅权力过重，给明朝权力分配带来新的矛盾：

一是本来已经消弥的皇权与相权的矛盾又有复张的兆头。《天府广记》卷一〇引明朝人何良俊的话说：“夫威权日盛，则谤议日积，谤议日积，则祸患日深，故自世宗以来，宰相未有能保全身名而去者。”杨廷和、张瑰被迫致仕。夏言被杀于市。严嵩罢官后被抄家。高拱被轰赶出朝廷。张居正死后籍没。总之，权力过大的首辅几乎都没有好下场。

二是内阁内部争夺首辅地位的斗争日益突出，阁臣之间勾心斗角，相互倾轧。如嘉靖时，张瑰在阁，“其为次，则出首之上；为首，则恶次之近。”

严嵩在阁二十一年，最后也被阁僚徐阶搬倒。隆庆时，内阁首辅徐阶又与阁僚高拱相攻，以后张居正又取代高拱。

三是六部不甘权力被夺，在张居正之后重新与内阁抗衡，阁部之争进一步发展。这些斗争对明朝政局影响很大。

张居正之后的阁臣，鉴于前面夏言、严嵩、张居正的结局，一方面明哲保身，不求进取，对皇帝一味委蛇取容。另一方面又在朝中树立朋党，以巩固自身在阁中的地位。

万历中期开始的东林党会议，就与阁权之争、阁部之争密切相关。从此，内阁的尊荣地位逐渐消失。到了天启年间，阁臣拜倒在魏忠贤门下，蝇营蚊附，成为宦官的附庸。崇祯朝，阁臣调动频仍，十七年间竟用五十名阁臣，内阁走到了下坡路的尽头。

二、清代内阁

顺治十五年(1658)七月，清王朝参照明制，改内三院为内阁。大学士改加殿、阁衔，称“中和殿大学士”、“保和殿大学士”、“文华殿大学士”、“武英殿大学士”、“文渊阁大学士”、“东阁大学士” (乾隆十三年去掉中和殿，增入体仁阁，成为三殿三阁)。

大学士品级改为正五品，这也是参照明制，是怕阁权过重，特降低大学士品秩，借以抑制。原来合于内三院的翰林官，这时仍旧分出，恢复了翰林院。院内三院的职官也减少了一些，裁去侍读学士一人，侍读二人，典籍三人。十六年(1659)又裁满汉学士(原有者以原官留任，以后不补)。满洲侍读学士以下各官，俱改为中书舍人。

这时的内阁，虽然已具掌握最高政权中枢机关的雏形，但因其领导人大学士降低了品秩，又减少了办事人员，其权任反较顺治初年之内三院为轻了。

自康熙九年(1670)恢复内阁以后，大学士无定员。以下设满学士二人，满、蒙、汉侍读学士八人，满、蒙、汉侍读十二人，满、汉典籍六人。十年(1671)增满、汉学士八人。十六年(1677)又增设满侍读三人。

内阁大学士的品级，到雍正八年(1730)满、汉俱定为正一品。至此，大学士成为清王朝最高的官员，犹如历朝的丞相。《清史稿·大学士年表序》说：“清大学士满、汉两途，勋高位极，乃以相授……其品列皆首文班。任军机者，自亲王外，其领袖者必大学士，唐、元三公尚不及也。”这都说明大学士的地位，是极为优崇的。

协办大学士，犹如宋之参知政事，为大学士之副职。初非额设，遇有大学士在内廷行走或奉差在外者，才另简人员协办阁务。

最早为雍正元年至五年间(1723-1727)有署大学士。二年有协理大学士。六年又有额外的大学士。十年至十三年(1732一1735)复设有协理大学士。到乾隆四年(1739)才有协办大学士，以后并改为常设。其品级，比大学士稍低，为从一品。

内阁学士的品级为从二品，均兼侍郎衔(乾隆五十八年以后裁兼衔)。他们的职掌是：满学士掌奏本章，汉学士掌批“题本”(内外官员汇报皇帝之文书)，按其应有权任，并不仅此。如康熙二十一年(1682)谕：“学士乃参赞政事之官，如有所见，应行启奏。近来并无与议者，若惟送本接本，用一笔帖式足矣，何必设立学士?此后各有所见，俱令敷陈”。虽有此谕，可是一般任学士者，仍是按部就班作一些例行之事，远不如军机章京职资之重。

内阁人员的额数，据《大清会典》、《清史稿》等书记载，规定为：大学士满、汉各二人，协办大学士满、汉各一人，学士满六人汉四人，典籍满、汉、汉军(编入八旗之汉人)各二人，侍读学士满四人，蒙、汉各二人，侍读满十人，蒙、汉、汉军各二人，委署侍读无定员，中书满七十人，蒙十六人，汉三十人，汉军八人，贴写中书满四十人，蒙古六人(以上各员额历有增减)，撰文中书无定员。供事六十二人。总人数是二百八十八人(委署侍读是由典籍内派委，撰文中书是由中书内派委，都不占额数)。

三、清代内阁的权势

清内阁自天聪十年(1636)内三院起，至宣统三年(1911)止掌握国政有二百七十多年之久，但其权势不是始终如一的，是屡有演变的。初设内三院时，尚在关外，并有议政处分其权，那时只是粗具后改内阁的规模。

顺治入关后，即加重内三院职权，特命令条陈政事或外国(对外)机密或奇特谋略都赴内院转奏。并定内三院品级与六部同(先是第六部一级)。这时内三院权势，已较初设时提高了一些。

顺治十五年(1658)正式改为内阁，只是抄袭明代官制，并不是加强内阁职权，相反降低了大学士品级(正五品)，并减少了它的职官，这时内阁的权势，反低于内三院。

到顺治十八年(1661)复改回内三院，大学士品级又改与六部尚书同。康熙九年(1670)恢复内阁，大学士仍兼殿、阁衔，并兼尚书。这时内阁在表面上似是加强了职权，但实际上，先是有辅政大臣专权，康熙亲政后，虽然取消了辅政大臣，而南书房掌批答诏旨，实有权力。

虽然如此，这时的军国机要，仍归内阁。到雍正八年(1730)，大学士升为正一品，在各部尚书之上(尚书为从一品)，当时虽已设军机处，然任军机大臣者，除亲王外，其首领必是大学士，所以当时的大学士，是勋高位极，因称内阁为“宰辅”。这时的内阁，还可以说是“表率百寮”因“掌议天下之政”的最高执政机关。

于乾隆二年(1737)复设军机处之后(军机处停了二年)，机要章奏都下到军机处，颁发诏旨都由军机大臣撰拟，“政本悉出机庭”，内阁主要职掌票拟本章，变成寻常吏事。《清史稿·大学士年表序》说：“雍正以后，承旨寄信有军机处，内阁宰辅，名存而已”(“雍正以后”是指设军机处后，雍正间军机处还只是掌军事，说它总揽军国大计，实在乾降以后)。

苏何《簪醉杂记》也说：“凡明发谕旨，皆由军机撰拟，寄信上谕，亦由军机封发，而内阁之任遂轻。是后凡阁臣不入枢府(军机处)者，则一切要政皆不得预闻，宰相备位而已。”原来具有宰相身份的内阁大学士，成为进爵的虚衔，称为“宰辅”的内阁，沦为办理例行政务颁发文告的机关。

到光绪二十七年(1901)废止了题本，内阁更成了“闲曹”了。这时的内阁公署，仅成了储存档案之所(公署比邻内阁大库)。宜统三年(1911)四月，责任内阁成立，旧内阁废。