当地时间13日，伊朗武装部队总参谋部发表声明称，伊朗武装部队总参谋长巴盖里、伊斯兰革命卫队总司令侯赛因·萨拉米、武装部队副司令阿里·拉希德以及一些科学家和无辜民众在以色列的袭击中丧生。声明向遇难者家属表示哀悼，并警告以色列已跨越所有红线，伊朗将对此进行无止境的报复。

同一天，伊朗武装部队副参谋长穆罕默德·礼萨·阿什蒂亚尼表示，美国及其他支持以色列的国家应明白，跨越伊朗的红线将带来严重后果。伊朗最高领袖顾问阿里·拉里贾尼指出，以色列试图在伊朗民众中制造心理混乱，但伊朗民众反而更加团结。他表示，尽管失去了重要将领，但一定会有人接替他们。中东地区必须摆脱虚假的以色列政权，美国人将为他们的行为付出代价。

伊朗国防部长纳西尔扎德当天也表示，针对居民楼的袭击暴露了以色列的野蛮行径，并增强了伊朗推翻该政权的决心。伊朗已准备好继续战争，以色列应等待伊朗的强力回击。此外，伊朗议会国家安全和外交政策委员会发言人宣布将于当晚召开紧急会议，调查以色列发动的袭击并公布结果。

据以色列安全部门消息人士透露，在13日凌晨以军对伊朗实施空袭前，以色列情报与特勤局（摩萨德）的突击队已在伊朗境内开展一系列秘密行动。这些行动包括监视伊朗高级官员和核科学家，以及削弱伊朗战略导弹系统，如在地空导弹系统阵地附近部署精确制导武器，在德黑兰附近建立攻击型无人机基地，以及将先进的车载攻击系统运入伊朗以攻击其防空系统。

中国外交部发言人林剑在例行记者会上表示，中方高度关注以色列袭击伊朗，对有关行动可能带来的严重后果深感担忧。中方反对侵犯伊朗主权安全和领土完整，反对激化矛盾、扩大冲突。地区局势再度骤然升温不符合任何一方利益。中方呼吁各方多做有利于促进地区和平稳定的事，避免紧张事态进一步升级，并愿为推动局势缓和发挥建设性作用。