安装参阅：开源版PyMol安装保姆级教程
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简介: PyMOL是一个Python增强的分子图形工具。它擅长蛋白质、小分子、密度、表面和轨迹的3D可视化。它还包括分子编辑、射线追踪和动画。
PyMol的名字来源于“Py”表示该软件基于Python这个计算机语言，“Mol”则是英文分子（molucule）的缩写，表示该软件用来显示分子结构。
先从 www.python.org 下载 python-3.11.9-amd64.exe
在 Win 10 上安装在 D:\Python311
cd D:\Python311
python.exe -m pip install --upgrade pip
pip install \pyMol\numpy-1.22.4+mkl-cp311-cp311-win_amd64.whl
pip install \pyMol\Pmw-2.0.1-py3-none-any.whl
pip install \pyMol\pymol-2.6.0a0-cp311-cp311-win_amd64.whl
pip install \pyMol\pymol_launcher-2.5-cp311-cp311-win_amd64.whl
D:\Python311> pip install pyqt5
Successfully installed PyQt5-Qt5-5.15.2 PyQt5-sip-12.17.0 pyqt5-5.15.11
安装成功之后 PyMOL.exe 在 D:\Python311\，右键点击发送到桌面快捷即可。
PyMOL 使用教程（实用示例）
PyMOL 是专业的分子可视化软件，广泛应用于结构生物学、药物设计等领域。本教程涵盖基础操作到高级技巧，并提供可直接运行的代码示例。
一、基础操作
1. 启动与界面
- 图形窗口：3D分子显示区
- 命令行窗口：输入指令（
PyMOL>前缀） - 对象列表：管理加载的分子
- 显示控制面板：调整渲染效果
2. 视图控制
# 鼠标操作：
# - 左键拖动：旋转
# - 滚轮拖动：平移
# - 右键拖动：缩放# 命令行操作：
reset # 重置视图
zoom all # 完整显示分子
orient # 自动最佳视角
二、分子加载与显示
示例1：从PDB数据库加载蛋白质
fetch 1TIM # 加载TIM桶蛋白
show cartoon # 显示卡通图
color green # 整体着色
示例2：本地文件加载
load r"D:\Python311\Lib\site-packages\pymol\pymol_path\test\dat\ligs3d.sdf"
load my_ligand.sdf # 加载配体分子
show sticks # 棍棒模型
util.cbag # 按原子元素着色(C:青,N:蓝,O:红)
示例3：多对象管理
load protein.pdb, target # 命名为"target"
load ligand.mol2, inhibitor # 命名为"inhibitor"hide everything, target # 隐藏target
show surface, target # 显示表面
show sticks, inhibitor # 显示配体棍棒
三、选择与编辑
示例4：选择特定结构区域
select active_site, resi 50-60 # 选择50-60号残基
show spheres, active_site # 球体显示
color red, active_site # 红色标记select metals, elem Zn+Fe+Mg # 选择金属离子
show spheres, metals
set sphere_scale, 0.3, metals # 缩小球体
示例5：测量与标注
distance hbond1, inhibitor/1/O, target/145/N # 测量氢键
label hbond1, "2.8 Å" # 添加距离标签set label_size, 20 # 标签大小
set label_color, blue # 标签颜色
四、高级可视化技巧
示例6：静电势表面
fetch 1cll # 加载溶菌酶
show surface
spectrum any, blue_white_red # 静电势着色
set surface_solvent, on # 显示溶剂效应
示例7：结合口袋展示
select pocket, byres inhibitor around 5 # 配体5Å内残基
show sticks, pocket
show surface, pocket
set surface_transparency, 0.7 # 表面半透明
示例8：多状态比较（如分子对接结果）
load docking_poses.mol2, poses
split_states poses # 拆分为独立对象# 并排显示前3个构象
viewport 1200,400
set_viewport 0,0,1200,400
align poses_1, poses_2
orient
五、图像渲染与输出
示例9：高质量渲染
set ray_trace_mode, 1 # 启用光线追踪
set ray_shadows, 0 # 关闭阴影
set antialias, 2 # 抗锯齿
set specular, 0 # 关闭镜面反射bg white # 白色背景
ray 2400,2400 # 渲染分辨率
png high_quality.png # 保存PNG
示例10：透明背景输出（用于论文）
set ray_opaque_background, off # 透明背景
png transparent.png
六、动画制作
示例11：旋转动画
mset 1 x360 # 设置360帧
mview store # 存储起始帧
rotate y, 360 # 绕Y轴旋转
mview store # 存储结束帧
mview reinterpolate # 生成中间帧# 导出为MP4（需安装ffmpeg）
cmd.mpng("frame_", mode=1)
# 终端合成: ffmpeg -i frame_%04d.png output.mp4
示例12：构象变化动画
load trajectory.dcd, protein.pdb # 加载分子动力学轨迹
mplay # 自动播放动画
movie.produce "dynamics.mp4" # 直接导出视频
七、实用脚本示例
示例13：自动生成结合口袋图
# 保存为 pocket.pml并执行
load complex.pdb
select ligand, organic
create pocket, byres ligand around 5hide everything
show cartoon, complex
show sticks, pocket
show sticks, ligand
util.cbagset bg_rgb=[1,1,1]
ray 1600,1200
png binding_pocket.png
示例14：批量渲染多个结构
# 批量处理脚本 batch_render.py
from pymol import cmdpdb_ids = ['1ABC', '2XYZ', '3DEF'] for pdb in pdb_ids:cmd.fetch(pdb)cmd.show("cartoon")cmd.color("blue")cmd.ray(1200,1200)cmd.png(f"{pdb}_render.png")cmd.delete(pdb) # 清理内存
八、常用命令速查
| 命令 | 功能 |
|---|---|
show cartoon/sticks/spheres/surface | 显示模式 |
hide [selection] | 隐藏对象 |
color color_name, selection | 着色 |
zoom selection | 缩放至选区 |
center selection | 中心化显示 |
save filename.pse | 保存会话 |
reinitialize | 重置PyMOL |
资源推荐：
- 官方文档：https://pymol.org
- 命令手册：
help <command>查看具体命令帮助- 示例库：PyMOL安装目录下的
examples文件夹
通过本教程和示例，您可快速掌握PyMOL核心操作。实践时建议从简单结构开始，逐步尝试复杂可视化！
