在帮助刘秀剿灭隗嚣之后，马援正式开始在一个更为广阔的平台施展自己的才华与抱负。他先是凭借其卓越的军事才能击溃西羌各部，使陇西安定。更为难能可贵的是马援在平定诸羌的过程中表现出了高人一等的政治眼光，当初朝臣皆认为应当放弃位于羌人势力范围的金城，而马援则力排众议，向光武帝指出金城地理环境之优越和位置之关键，而刘秀最终也采用了马援的建议。

总的来说，马援在归顺刘秀之后充分表现了其治国安邦的才华。其平定经略陇西的事迹更是让其威名大显。光武帝对其也极为看重，多次采纳其意见，并在马援还京师后数次召马援进见，足可见马援之受宠。应该说刘秀如此重用马援，除了看重其才华之外，还有一个重要的原因便是马援的孤立地位。因马援并非光武从龙之臣，而是半路由隗嚣一边投奔而来，这种特殊情况决定了马援无党无派的政治上的孤立性，决定了其无权重难制之虞，可以由刘秀自由进退。刘秀在重用马援的同时，也似乎在有意识地压制那些从龙功臣，前文已提到光武帝听从马援的建议和平经营金城之事，而光武帝在这之后还采取了进一步的措施，便是调离了自己嫡系马成的作为抵御羌豪的军队。马成对此自应是不痛快的，而对促成此事的马援也应不无想法。

建武十六年（40年），在交趾也就是今越南北部发生了“二征起义”。而东汉王朝给出的应对措施则是拜马援为伏波将军前去讨伐，经过三年的时间马援便予以平定。在平定二征并将其斩首后，马援被封为新息侯，食邑三千户，还京师后更是被赐兵车一乘，朝见位次九卿。拜将封侯，荣宠加身。可以说此时的马援已真正到达人生的巅峰，但在这看似光明的人生局面之下却早已涌动着危机的暗流。

首先便是“万岁事件”。在建武十九年（43年）得封新息侯后，马援对着自己的从属作了一番充满感慨的演讲，表明了自己以天下为己任的慷慨大志，又表露了对下属的感激之情，而这番演讲的结果则是“吏士皆伏称万岁”。鉴于王莽篡位教训，光武帝一生“总揽权纲”，“政不任下”。正如他自己所说：“我自乐此，不为疲也。”对权力极度迷恋，不愿放手，实际上也是对手下大臣的一种猜忌和不信任的表现。如今面对声威如此鼎盛以至于被军士伏称万岁的马援，很难想象光武帝不会产生猜忌的心理。后来的事实表明光武帝对马援的猜忌是存在的，而马援最终的悲剧命运，光武帝几乎是起了决定性的作用。

其次便是“家书事件”。建武十九年（43年）秋，马援还在交趾前线之时，听闻两个侄儿马严、马敦“并喜讥议，而通轻侠客”。于是便语重心长地写下了传唱千古的《戒兄子严敦书》，在信中，马援强烈地反对两个侄儿议人长短，谆谆教导他们谨言慎行，不要效仿豪侠杜季良的行为。

但是令马援没有想到的是，这封本来是劝诫侄儿谨言慎行的家书却产生了一个戏剧性的结果，便是这封家书被杜季良的仇人所获，至于马援的家书为何会为外人所得，我们已不得而知。杜季良的仇人以这封家书为证，上书光武帝指责杜季良的不当行为，同时提出与杜季良相结交的窦固与梁松二人与其一起“败乱诸夏”。光武帝随之指责窦梁二人，并将讼书和马援的家书出示给二人，最终的结果则是“松、固叩头流血，而得不罪。诏免保官”。马援由此间接得罪了两个非常要害的人物：窦固和梁松。众所周知，窦固出身于汉朝传统大族和皇室宗亲窦氏，属于当朝显贵。而梁松则是刘秀女儿舞阴公主之夫，贵为帝婿，地位亦十分显赫。马援得罪他们无疑是极为不利的，而后来梁松更是寻机报复了马援。

以南征之威返京的马伏波自是荣耀无比，而他回到京师后不久便再次如愿奉命征讨入侵自己故乡扶风的乌桓和匈奴。临行前刘秀诏百官祖道，再次显示伏波将军的荣耀。也许是受到如此盛大场面的感染，马援有些不合时宜地以长辈的口吻教育起窦固和梁松来：“凡人为贵，当使可贱，如卿等欲不可复贱，居高坚自持，勉思鄙言。”也许在马援看来，自己出自一片好心以长辈的姿态教育两个后辈，并无不妥。但窦梁二人均为显贵之身，正年少得意，而马援当着文武百官的面对二人进行劝导，只会让其难堪，并生出对马援倚老卖老、居功自傲的反感之情。而接下来发生的事情更是激化了双方的矛盾。

当时马援正卧病在床，梁松前来探望并拜于床下，而马援没有答礼。家人对此不解，认为梁松贵为帝婿，地位尊贵，百官无不忌惮，不答礼有失妥当。而马援则答道：“我乃松父友也，虽贵，何得失其序乎？”马援以儒家礼仪为说，显然是一种借口。事实上，马援不答礼的真实原因其实是其内心深处对梁松这种人的不屑与鄙视。可以想见梁松对这样的冷遇会有怎样的不满甚至愤恨。而《后汉书·马援传》也明确记载了“松由是恨之”。至此两人的矛盾几乎已经公开。

建武二十四年（48年），武威将军刘尚前去讨伐今湖南武陵地区的五溪蛮，惨败而归。马援便希望自己能够替其前行。光武帝最初以其年事已高予以拒绝，但最终马援以62岁高龄披甲上马打动了光武，于是便有了这位百战老将的最后一次出征。在马援的副将名单中，有马武和耿舒等人，这些都是光武帝嫡系的代表人物，正如前文所述，马援和他们素非同路，关系也似并不和睦。果然，在进军路线的选择上马援便和他的部将发生了分歧。当军队来到下隽（今湖南沅陵县东北）时，有两条路可供选择，一是由壶头（今沅陵县北）进军，路途较近但是水势颇为险恶；另一条则为由充（今湖南常德市境）进军，这条路线道路较平但路线较长。马援主张由第一条路线进军，而耿舒则主张第二条，事闻于光武帝，他从马援之策。但因为水势的险要和气候的炎热，马援的军队遭受到了挫折，他自己染病，许多士兵病死。

如此，本来便与马援意见不和的耿舒自然十分不满，写信给自己的哥哥耿弇发牢骚，并暗示马援有拥兵自重的嫌疑。耿弇将其上呈给光武帝，刘秀针对这种情况便派出梁松前去责问马援。应该说光武帝对马援与梁松之间的嫌隙自应是十分清楚，他派梁松前去一是出自于对帝婿的信赖，更重要的原因则是他相信凭借着和马援的不睦，梁松必然会打破马援施于军中的影响，极力搞清问题的实质，以释心中疑虑。但同时，光武帝也必然会了解正是由于二人的不愉快关系，梁松完全有可能做出无中生有、诬陷马援的事情来。但此时的光武帝考虑的只是自己统治的稳固，也就顾不得马援的安危了。

当梁松到达五溪蛮前线之时，马援已经病死，这位纵横沙场一生的功勋老将先于即将到来的危机而去，已是不幸中的万幸。而梁松果然做出了构陷之事，光武帝闻之大怒，收回了马援的新息侯印绶。当初马援还在交趾之时，发现食用那里的薏苡能够抵御瘴气，又因其果实较大，品质较优，便带回一车返京。人们均以为马援带回的是南方的珍宝，权贵们更是猜测不已，只是由于马援正当宠，便无人深究。而此时这件事却被翻了出来，说那是“明珠文犀”，而属于南阳系又为马援征五溪蛮下属的马武等人也上书证实确有其事，光武也愈加愤怒。这就是历史上著名的冤案“明珠之谤”。马援家人惶恐不安，宾客故人不敢相会，马援遗体也只能暂时草葬，后来马援的侄儿马严与马援的妻子以草索相连前去请罪，并先后六次上书鸣冤，才得以让马援正式下葬。一代忠臣名将，竟落得如此下场，不由得让人唏嘘不已。

马援通过“臣择君”，最终归顺光武帝并实现了人生的辉煌。但这种半路归顺的特殊状况使得马援处于一个非常孤立的地位：他既非南阳派系那样的从龙功臣，也非窦融那样的汉室贵胄，始终是孤身一人在进行奋斗。初归光武之时便遭受冷遇，在死后蒙冤之时亦无人替其说话。马援的这种孤立处境，难免使他不受到其他派系的排挤，而他的才华与功业以及在与他人相处时不时显露的恃才傲物以及光武帝长期以来对他的重用，难免会使他遭到他人的嫉恨，尤其是他在对待梁松时所表现出的颇端架子以及好为人师之嫌更是伤尽了一个浮华亲贵的自尊，招来报复也就不可避免了。

应该说，光武帝在马援悲剧的促成中起到了关键性的作用。他在马援征五溪蛮时及马援死后的一系列表现看上去是十分反常的：派出与马援有仇怨的梁松前去调查；看似接到梁松诬告的文书便偏听偏信地收回马援新息侯的印绶；为一车子虚乌有的“明珠文犀”便勃然大怒。所有这些看上去都不像一个有所作为的中兴明君的行为。但联系到光武帝极强的权力欲以及他对待功臣的态度，不难看出这一切都是猜忌心理在作祟。这也是一切专制帝王的通病。

尽管在死后遭受到了不公正的待遇，但这并不妨碍马援这一光辉灿烂的人物形象在后世所施加的巨大的积极影响。马革裹尸，恰慰平生。这位传奇人物身上所体现出的坚毅豪迈的情怀、恢宏崇高的志向和保家卫国的尚武精神一代代地激励着中华儿女，而且早已成为中华传统文化的优秀组成部分。