6月2日，哈佛大学请求一名联邦法官发布简易判决，以解冻特朗普政府自4月14日以来冻结的25亿美元资金。这些资金与国家安全威胁、癌症和传染病等研究相关。由于拒绝了白宫提出的一系列要求，哈佛大学收到了957份命令，要求冻结这些资金。

在提交给法庭的文件中，哈佛大学详细说明了被终止的拨款情况，其中包括用于儿童艾滋病毒研究的8800万美元、用于提高国防部对新兴生物威胁理解的1200万美元，以及用于更好地理解暗能量的800万美元。

美国政府于5月22日宣布取消哈佛大学的学生和交流学者项目（SEVP）资质，禁止该校招收国际学生。根据这一决定，哈佛大学不仅不能再招收新的国际学生，现有的外国学生也必须转学，否则将失去合法身份。同日，美国国土安全部发布了撤销哈佛大学“学生和交流访问学者项目”认证的声明。