6月7日，有网友发布视频称，上海航空的FM9088航班当天上午10时20分左右从沈阳桃仙机场起飞，不久后开启返航状态，在空中绕圈飞行约8圈后，于11时45分左右再次降落到沈阳桃仙机场。视频发布者是一名航空爱好者，他在拍摄飞机起降时注意到了该航班的异常行为，并通过航空频率对讲机得知该航班出现问题。

次日，记者查询航旅纵横发现，FM9088航班在起飞后没有向上海方向飞行，而是飞往沈阳市东北方的黄旗寨镇，并在其上方多次盘旋，约1个多小时后返航沈阳桃仙机场。该航班返航后，于6月7日18时05分再次起飞，并于19时53分成功到达上海浦东机场，总共延误了7小时23分钟。

资深机长陈建国表示，飞机返航原因有很多，空中转圈一般是处置故障，或者因为落地重量超过最大落地重量需要消耗燃油，或者等待天气或机场可以落地。起飞后空中转圈多数情况是在空中耗油，等到重量小于最大着陆重量后落地。陈建国指出，FM9088航班的返航操作说明发生了问题，但问题不是特别紧急，否则可以直接超重落地。

执行FM9088航班的注册号为B5832的飞机返航后短时间内没有再次飞行，航空公司更换了另一架注册号为B1472的波音737-800飞机来执行该航班。目前，故障飞机B5832仍停在沈阳桃仙机场。