6月13日，一名以色列安全官员透露，以色列花费数年时间筹备对伊朗的袭击，摩萨德在其中发挥了重要作用。摩萨德特工在德黑兰附近建立了一个发射自杀式无人机的基地，并在13日凌晨启动这些无人机，瞄准打击了伊朗的地对地导弹发射器。

摩萨德还通过车辆将精确制导武器偷运到伊朗中部，在车辆上部署了打击系统，并在伊朗中部防空基地附近部署了精确制导导弹。这些行动摧毁了伊朗的防空系统，使以色列获得了制空权。该官员称，这些行动依靠的是突破性的思维、大胆的计划和先进技术的操作，特种部队和特工在伊朗心脏地带行动时完全避开了当地情报机构的监视。

同一天，以色列国防部长卡茨的办公室发布声明，称伊朗伊斯兰革命卫队空军的大部分领导层在以色列空袭中丧生。袭击发生时，这些高层官员正在一个地下指挥中心召开会议。一名以色列高级安全官员表示，以色列成功欺骗了伊朗空军的高级指挥官，使其聚集在一起以便对该地下指挥中心进行定点打击。

路透社援引消息人士的消息称，至少有20名伊朗高级指挥官在以军空袭中丧生。以军称，伊朗拥有足够的浓缩铀，可在数日内制造出数枚炸弹，因此需要针对这一“迫在眉睫的威胁”采取“先发制人”的行动。

伊朗媒体确认，伊朗伊斯兰革命卫队总司令萨拉米、武装部队总参谋长巴盖里、伊斯兰革命卫队航空航天部队司令阿米尔-阿里·哈吉扎德都在此次袭击中丧生。伊朗最高领袖哈梅内伊的政治顾问、伊朗国家最高安全委员会前秘书阿里·沙姆哈尼也遇袭，但其生死情况尚不明确。此外，还有6名伊朗核科学家在空袭中身亡。

CNN将萨拉米、巴盖里和沙姆哈尼描述为伊朗“最有权势的三个人”。以色列总理内塔尼亚胡当天表示，以色列对伊朗的首次突然袭击非常成功，以军对伊朗的打击会持续数天，目标是打击伊朗核设施、弹道导弹工厂和军事能力。

据伊朗媒体报道，位于伊朗西北部的大不里士机场和中部的纳坦兹核设施遭到猛烈袭击。法尔斯通讯社报道，非官方统计显示，以色列当天对伊朗德黑兰省发动的空袭已造成78人死亡、329人受伤。

伊朗总统佩泽希齐扬发表讲话，称以色列的行径违背了所有国际义务，伊朗不会保持沉默，将通过合法和有力的回应，使敌人后悔自己的行为。塔斯尼姆通讯社报道，在萨拉米被证实死亡后，哈梅内伊已任命新的革命卫队总司令、武装部队总参谋长和武装部队司令。半岛电视台预计，以军持续的袭击未来几个小时会招致伊朗方面更强烈的反击。此前，伊朗武装部队总参谋部和防长已经警告，伊朗已准备好进行长期战斗，且对反击措施不设任何限制。哈梅内伊则发表声明说，等待以色列的必将是严厉的惩罚。