- 使用大型因美纳生态系统和第三方测序解决方案，生成可靠的单细胞测序数据报
- 可扩展的测序通量，支持广泛的单细胞实验
- 高分辨率分析，能够发现采用批量采样方法时通常会被掩盖的细胞间差异
简 介
单细胞测序是一种新一代测序（NGS）方法，可检测单个细胞的转录组，提供细胞间变异的高分辨率视图。不同于传统RNA测序（RNA-Seq）对细胞群进行的批量采样，高灵敏度的单细胞RNA 测序（scRNA-seq）法可帮助研究人员探索复杂组织中单个细胞的不同生物学特性，了解细胞亚群对环境要素的反应。这些检测方法有助于研究细胞功能和细胞分化、增殖、肿瘤发生等一系列与时间有关的生物过程异质性。
scRNA-Seq与批量采样方法相比具有多项优势，这些优势让研究人员能够：
- 鉴定细胞类型，判定特定细胞类型的转录活性
- 发现可能在复杂系统中发挥新功能的新细胞类型
- 检测在批量采样方法中可能被掩盖的低频细胞类型的转录模式
- 解析单个细胞类型的转录变化，以便了解机制和通路模型
灵活的scRNA-Seq解决方案
NextSeq™ 1000/1000-CN和NextSeq™ 2000/2000-CN测序系统（以下统称“NextSeq™ 1000/2000系列测序系统”）采用因美纳边合成边测序（SBS）XLEAP-SBS™ 化学技术作为完整scRNA-Seq工作流程的一部分。scRNA-Seq包括初始组织制备、一系列单细胞分离和文库制备选项、测序和初级分析，以及数据可视化与解读（图1）。
图1：NextSeq 1000/2000 scRNA-Seq工作流程⸺NextSeq 1000/2000系列测序系统是集成式NGS工作流程的一部分，该流程首先是组织制备，然后是单细胞分离和文库制备，接下来是测序和初级分析，最后是数据可视化和解读。
NextSeq™ 1000/2000
系列测序系统
图2：NextSeq™ 1000/2000 系列测序系统
NextSeq™ 1000/2000系列测序系统（图2）具有强大的功能和灵活性，可满足多种多样的项目需求，允许调整每个样本的细胞数、每个细胞的read数和每次实验的样本数。无论研究人员是想要实现深度测序以获取低丰度转录本，还是想要对更多细胞或样本进行测序，NextSeq™ 1000/2000系列测序系统都为测序和初级分析提供了经济高效的台式测序仪。提供四种流动槽类型，研究人员可以灵活地使用多种NGS分析方法，并满足各种实验设计要求。如果需要更高的样本通量，可以使用NovaSeq™ X系列扩大研究规模（表1）。
表1：因美纳基因测序仪的单细胞RNA-Seq样本通量
a. 按每个样本含5000个细胞，每个细胞测2万读数对计算；包括38 个额外循环，可支持唯一分子标记（UMI）。实际情况中，每个样本包含的细胞数量和每个细胞的测序深度应取决于具体应用和样本类型
b. P1 试剂是质量控制实验的不错选择
c. P3 和P4 试剂仅适用于NextSeq 2000/2000-CN基因测序仪
d. NovaSeq X Plus基因测序仪支持单流动槽运行或双流动槽运行。NovaSeq X基因测序仪仅支持单流动槽运行
利用XLEAP-SBS化学技术实现深入探索
NextSeq™ 1000/2000系列测序系统（图2）采用因美纳边合成边测序（SBS）XLEAP-SBS™化学技术作为完整scRNA-Seq工作流程的一部分。scRNA-Seq包括初始NextSeq™ 1000/2000系列测序系统采用了XLEAP-SBS化学技术，这是因美纳迄今为止最快、数据质量最高、最可靠的SBS化学技术。XLEAP-SBS化学技术以成熟的标准因美纳SBS化学技术为基础，可提供更高的试剂稳定性，使核苷酸结合时间缩短两倍。对于scRNA-Seq来说，这可以在检测基因、转录本和单细胞条形码时获得更准确的倍数变化预计和更高的灵敏度。在所有因美纳台式基因测序仪中，NextSeq™ 1000/2000系列测序系统拥有最高的read通量和最低的read 单价，有助于研究人员：组织制备、一系列单细胞分离和文库制备选项、测序和初级分析，以及数据可视化与解读（图1）。
- 每个细胞获得更多的read，以捕获有关低丰度转录本的信息
- 在给定的研究预算内，可对更多细胞和样本进行测序，为实验设计提供支持
- 获得其他条件、时间点或方法以研究生物学更复杂的方面
跨应用的灵活性
除scRNA-Seq外，NextSeq™ 1000/2000系列测序系统提供了跨应用的灵活性，让研究人员能够在多个测序项目之间轻松转换。该系统与Illumina 以及第三方的一系列文库制备试剂盒兼容，可实现群体细胞RNA-Seq、单细胞RNA-Seq、外显子组测序及其他应用之间的轻松转换。P4 流动槽的通量更高，可提供更多多组学信息。例如，研究人员可在NextSeq™1000/2000系列测序系统上将scRNA-Seq与外显子组测序结合在一起，评估编码变异是否影响转录本表达，或开展ATAC-Seq*分析染色质可及性，更好地了解功能调控。
简化的单细胞数据分析
NextSeq™ 1000/2000 系列测序系统生成的测序数据以标准格式呈现，与多种商业和开源单细胞测序软件工具生态系统兼容，包括Cell Ranger（10x Genomics）和SeqGeq（FlowJo/BD Biosciences）等商业软件，以及Seurat1 和Monocle2等开源工具。
NextSeq™ 1000/2000 系列测序系统提供DRAGEN Single-Cell流程作为机载数据分析流程，能够加速数据分析，通过纠错提高准确性，并支持各种定制条形码设计，以实现新的单细胞分析方法。
总 结
NextSeq™ 1000/2000系列测序系统为scRNA-Seq提供了一种灵活的解决方案，带来了清晰、全面的单细胞转录组视图，使实验室能够扩展其可用的工具集。四种流动槽模式使研究人员能够根据需要，调整每次实验的细胞数以及每个细胞的 read数。将NextSeq™ 1000/2000系列测序系统的强大、快速和灵活与广泛的文库制备和软件解决方案生态系统相结合，NextSeq™1000/2000系列测序系统上的scRNA-Seq测序方案可帮助研究人员在单细胞分辨率水平更深入地了解转录组。
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- Satija R, Farrell Ja, Gennert d, Schier aF, Regev a. Spatial reconstruction of single-cell gene expression. Nat Biotechnol.2015;33(5):495-502. doi:10.1038/nbt.3192
- trapnell c, cacchiarelli d, Grimsby J, et al. The dynamics and regulators of cell fate decisions are revealed by pseudotemporal ordering of single cells. Nat Biotechnol. 2014;32(4):361-386. doi:10.1038/nbt.2859
仅供研究使用，不得用于诊断。
