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本期我们继续分享如何使用PubMed检索目标研究领域文献,以获取更全面or更准确的检索结果。首先,PubMed支持五种检索规则:
1) Basic Search【基本检索】
2) MeSH Terms【主题词检索】
3) Advanced Search【高级检索】
4) Clinical Queries【临床检索】
5) Single Citation Matcher【单篇引文检索】
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/
本期我们主要分享如何使用前三种检索方法。
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Basic Search
对于大部分使用PubMed的科研人员,直接在搜索栏输入关键词一键Search是最简单、最常用的文献检索方式。
Basic Search中默认使用自动术语映射(Automatic Term Mapping,ATM)系统进行检索,即并非输入和返回内容完全匹配,而是先在MeSH进行比对和转换得到主题词,同时针对词组进行拆分,使用AND与OR运算符组合词组创建检索式后再进行检索。
我们以【单细胞测序】为例,首先输入scRNA-seq,出现18374条结果;
输入Single-Cell Gene Expression Analysis,则能出现40847条结果。
可以看到输入同一个概念的不同描述词,检索得到的结果数量不同。展开检索细节查看,也能看到基于ATM的检索机制,在MeSH中匹配转换的主题词虽然相同,但由于描述词不同,拆词组成的检索式不同,导致了检索结果的差异。
得益于ATM检索机制,一般来说使用Basic Search可以保证文献的全面性,但同时也会丧失准确度,即可能出现较多与目标无关的文献。这里如果不想启动ATM,可以使用英文双引号“”括住目标词组,如“Single-Cell Gene Expression Analysis”缩小范围。
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MeSH Terms
基于上一步中我们遇到的问题【同一概念有不同的描述词】,可以使用MeSH Database帮助确认。MeSH(Medical Subject Headings)即医学主题词,在PubMed中每一个概念都对应一个唯一主题词,同时对应文献的摘要/标题中也进行了主题词标引,使用主题词检索能够获得更精准的检索结果。
MeSH Database。
在MeSH中输入目标关键词进行检索,如输入scRNA-seq,这里单细胞测序对应的主题词为Single-Cell Gene Expression Analysis,我们可以根据自己的需求选择是否勾选Subheadings处的副主题词限缩范围,确认后可以点击右侧Add to search builder添加到PubMed搜索框后,点击Search PubMed进行检索。
Search结果如下,我们可以获得591条MeSH主题词检索结果。
使用【MeSH Terms】进行目标领域主题词检索,能够保证检索结果的准确度,但可能会漏失一些新收录、尚未标引的文献。
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Advanced Search
如果想要同时保证检索的准确性+全面性,一般更推荐使用高级检索。
首先,除了主题词,在MeSH页面下方的Entry Terms还能够获得对应自由词信息,即主题词的同义词,我们等下会用到。
点击Advanced进入高级检索页面。在高级检索中,我们可以通过与(AND)或(OR)非(NOT)逻辑运算连接词组创建更准确详尽的检索式,同时结合检索历史框实现组配检索,对于较为复杂的检索目标也能得心应手!
在页面下方History and Search Details处,能够看到上一步我们的主题词检索历史记录,点击Add query将检索词条重新添加到Query box,如下:
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/advanced/
由于高级检索不会进行ATM,为了获得更全更准确的检索结果,需要尽可能多的输入同义词查全。这里我们在检索标签中选择Title/Abstract,然后依次输入自由词,点击OR添加到下方Query box中创建PubMed标准检索式。
将自由词添加完毕后,检索式如下图(OR连接主题词和自由词):
PS:这里的自由词仅代表MeSH中收录的,并不代表只能或只有这些,更多关键词/自由词可结合自己的研究或背景知识添加。
创建完检索式直接Search,我们可以得到11236篇与单细胞测序相关的文章。
当然,你还可以结合自己的研究领域,如乳腺癌方向,那么如何同时检索到与乳腺癌和单细胞测序有关的文章呢?
先重复上述步骤,在MeSH中确定乳腺癌主题词和自由词:
(自由词截图仅显示部分)
重复上述创建检索式步骤,并Add to History:
在历史记录中,我们可以得到基于单细胞测序和乳腺癌两个研究领域的检索结果,单细胞相关11236篇,乳腺癌相关474073篇。
在Query box中用运算符AND(#2 AND #3)连接两个检索式取交集:
最终检索得到339篇与乳腺癌和单细胞测序有关文献。
这里仅介绍了PubMed检索的冰山一角,更详细的使用说明可点击User Guide(用户指南)进行学习。另外检索方式也没有标准答案,可多多尝试,看哪种方式更贴近自己的最终目标。
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/help/
好啦,今日分享毕!
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