2003年夏天，比利亚来到了距家乡图伊拉5小时车程的阿拉贡自治区首府萨拉戈萨，加盟了这支西甲弱旅。也是在那年夏天，21岁的比利亚和自己青梅竹马的女友帕特莉夏结婚了。除了思乡之苦，西甲更高层次的竞争也让年轻的比利亚感受到了人生的艰难。不过在新婚妻子的帮助下，西甲赛场上面对着罗纳尔迪尼奥、罗伯特-卡洛斯以及齐达内这样的超级球星，比利亚依旧延续了自己的出色表现。2003-2004赛季的国王杯中，萨拉戈萨与皇马会师决赛。对阵银河战舰一期的豪华阵容，萨拉戈萨众将打出了一场永载西班牙足球史册的比赛。尽管上半场第23分钟，依靠着贝克汉姆的任意球，皇家马德里轻松领先，但是仅仅5分钟后，萨拉戈萨便扳平了比分。而在上半场即将结束之际，年轻的比利亚为球队赢得了一粒点球，他亲自主罚，并将点球踢进，萨拉戈萨2-1领先皇马结束了上半场比赛。下半场开始仅仅3分钟，卡洛斯主罚的任意球再一次攻破了萨拉戈萨的球门，场上比分再度战平。随后萨拉戈萨尽管被罚下了一人，但是球队依旧顽强地将比赛拖入了加时赛。在加时赛中，皇马中场大将古蒂犯规吃到红牌，双方不得不进入十打十的局面。这时奇迹发生了，替补上场的阿根廷球员加莱蒂为萨拉戈萨打入制胜的一球。最终萨拉戈萨将3-2的比分保持到了终场哨响，球队队史上第六次捧起国王杯，并且终结了皇马欲成为赛季西甲联赛、杯赛和欧洲冠军联赛三冠王的美梦。
在国王杯征程中，比利亚为球队打进了4粒进球，堪称球队的首功之臣。这座国王杯奖杯，也是比利亚职业生涯中的第一座冠军奖杯。在那个赛季，比利亚在各项赛事共计打进了21粒进球，成为队内最佳射手。国王杯夺魁之后，看台上也响起了萨拉戈萨球迷们为比利亚特意谱写的助威歌曲，“illa illa illa，Villa maravilla”。仅仅一个赛季，这位青年才俊便征服了西甲赛场。
效力萨拉戈萨的第二个赛季，比利亚各项赛事打进了18粒进球，并且第一次踏上了欧洲赛场，帮助球队闯进了欧洲联盟杯16强。可惜那个赛季仅仅排名西甲第12名的萨拉戈萨却遭遇了严重的资金问题。比利亚不得不再次被摆上货架，进入转会市场。这一次，慧眼识英的球队变成了蝙蝠军团瓦伦西亚。2005年夏天，瓦伦西亚砸下了比利亚的违约金价格1200万欧元，签下了这位初出茅庐的本土射手。
效力瓦伦西亚的首个赛季，比利亚便依靠着自己出色的表现，证明了新东家的1200万欧元绝对物超所值。在诺坎普球场，比利亚梅开二度帮助球队2-2战平巴萨。随后来到了伯纳乌，又是他的制胜进球击沉了老对手银河战舰。回到了梅斯塔利亚球场，比利亚又打进了全场比赛的唯一进球。而在对阵毕尔巴鄂竞技的比赛中，比利亚仅仅花费不到6分钟的时间便完成了帽子戏法，这也是西甲历史中用时最短帽子戏法之一。在迎战拉科鲁尼亚时，比利亚转身之后几乎没做任何调整，便打进了一粒超过50码的超远吊射，这也是那个赛季欧洲足坛最精彩进球之一。在加盟蝙蝠军团的首个赛季，比利亚在联赛中出场37次打进25粒进球，在射手榜上仅仅排名如日中天的“猎豹”埃托奥之后，成为西甲银靴得主。
也是在效力瓦伦西亚期间，比利亚的“葫芦娃”这一绰号，第一次被中国球迷所熟知。事实上，比利亚在西班牙的绰号是“El Guaje”，其中guaje原本是比利亚家乡阿斯图里亚斯对于小孩子称呼的方言，并不能算是标准西班牙语。不过，或许是中国译者第一次见到这一词语时，在西语助手上看到这一词语的第一个释义是“[墨西哥方言]【植】葫芦”，因此也没有再深入探究，于是便将比利亚称之为“葫芦娃”。不过这样的译名放在身材矮小精悍的比利亚身上，也的确颇为传神。
随后的四个赛季，受困于球队经济状况，比利亚身边的队友不断变换，从莫伦特斯到大卫-席尔瓦和马塔，但不变的是比利亚持续的进球效率。无论是自己顶在前场和队友进行搭档，或者拉到左边路，比利亚都拥有非常罕见的可塑性，能够将自己塑造成球队所需要的模样。对于比利亚，克鲁伊夫曾经这样评价过：“比利亚不仅可以终结比赛，他还拥有可怕的活动空间。这意味着比利亚总是准备好了打开传球路线，吸引防守球员，为其他人腾出空间。”2010年夏天，比利亚也终于被瓦伦西亚放进了转会市场，彼时正称霸欧洲的巴塞罗那没有错过这样的机会，花费4000万欧元引进了已经28岁的西班牙国家队主力前锋。效力蝙蝠军团的5个赛季，在西甲赛场上只有埃托奥的进球数比比利亚更多，不过喀麦隆人的进球数也仅仅比他多了6球而已，而巴萨的总进球数则要比瓦伦西亚多了129个，比利亚对于瓦伦西亚的重要性可见一斑。尽管他并不愿意离开蝙蝠军团，但可惜球队窘迫的经济状况，还是让他最终前往了加泰罗尼亚。
