在两国经贸磋商似乎陷入停滞之际，6月5日晚，中美元首的一通电话引发各界广泛关注。除经贸议题外，双方还谈到台湾问题。根据央视新闻发布的消息稿，中方领导人在电话中强调，美国应当慎重处理台湾问题，避免极少数“台独”分裂分子把中美两国拖入冲突对抗的危险境地。特朗普表示，美方将继续奉行一个中国政策。

6月6日，港媒《南华早报》报道称，这通主要旨在缓解中美贸易紧张局势的电话，让一些台湾地区的政治人士“焦虑”起来，他们担忧台湾可能被进一步边缘化，无论是在经贸关系，还是在地缘政治方面。从去年美国大选期间，特朗普就三番五次向台当局讨要“保护费”，引发岛内忧虑。特朗普推动的所谓“对等关税”中，中国台湾地区被征收32%的出口关税。台湾“中央大学”经济系教授吴大任分析称，保守估计，对等关税对台湾地区GDP直接影响介于15%至20%，“非常可怕”。

在宣布关税政策的新闻发布会上，特朗普特别提及台湾，宣称“台湾夺走了美国所有的计算机芯片及半导体”。他抱怨道，“我们过去是王者，但现在已几乎一无所有”。国民党方面批评赖清德上任以来一味迎合美方、全面倒向美国，导致台湾在美国“对等关税”政策中毫无筹码与招架之力。32%的高额关税是对赖清德当局“依美抗中”政策的一记重击。

《南华早报》指出，由于特朗普在防务、半导体和关税方面的对台论调，台湾对美国的态度有所改变。据台湾“联合新闻网”消息，岛内一项最新民调结果显示，高达66.2%的受访者认为特朗普会为了美国的利益而出卖台湾地区，其中认为一定会的占26.4%，认为可能会的占39.8%。港媒称，中美元首通话更加剧了岛内对美国日益增长的怀疑情绪。

“中国大陆的惯常做法是，只有在达成某种共识时才会进行电话沟通，”台中市副市长郑照新对地方媒体表示，“这让我们对台湾的贸易谈判感到非常焦虑，因为我们发现日本和中国大陆都走到了我们前面。”郑照新补充说，台湾为降低美国关税的努力没有取得任何进展，这让岛内工业界“非常焦虑”，包括作为精密工业中心的台中。

国民党“立委”陈玉珍提到，过往两岸关系和缓时期，台湾在跨海峡事务协商中或许仍具有一定话语权，但如今已然不复当年。已被国台办列入“台独”顽固分子清单的民进党“立委”王定宇则试图淡化通话对台湾的影响。他刻意回避通报中强调的对台论调，辩称中美元首通话主要关注的是两国“贸易冲突和地缘政治分歧”，而非台湾问题。

清华大学国家战略研究院资深研究员谢茂松指出，中美元首通话中明确提到台湾问题，是北京对赖清德当局“鲁莽行为”的明确警示。东京大学东亚与国际关系研究员林泉忠提醒道，“不能排除”在中美达成贸易协议后，特朗普再就台湾问题生事的可能。

另据台媒报道，国民党主席朱立伦6日受访表示，中美元首通话备受全球瞩目，在关税贸易战激烈之际，通话有助缓和局势。对于通话谈及台湾问题，朱立伦强调，台湾不希望变成“区域安全的破坏者或麻烦的制造者”，“台独”绝对会伤害整个区域安全，会让台湾陷入兵凶战危的最大危机。他呼吁民进党尤其是赖清德应“悬崖勒马”，停止推动“台独”。否则不仅会严重伤害台湾人民的根本利益，更会成为破坏两岸和平的最大祸根。

复旦大学国际问题研究院院长、美国研究中心主任吴心伯表示，本次中美元首通话有五大内容值得重点关注，台湾问题便是其一。此次通话是中美关系在关键阶段的一次战略沟通，总体而言积极且具有建设性，对接下来一段时间中美关系的发展起到了定方向、定目标的作用。上周在新加坡举办的香格里拉对话会上，美国防长赫格塞思借机挑事，发表涉华消极言论。中国外交部发言人回应表示，赫格塞思无视地区国家求和平谋发展的呼声，兜售阵营对抗的冷战思维，抹黑攻击中国，大肆渲染“中国威胁论”，充满挑衅挑拨。中方对此强烈不满和坚决反对，已向美方提出严正交涉。发言人强调，台湾问题纯属中国内政，任何外国无权干涉。