当地时间13日，伊朗北部库姆、西北部霍拉姆达雷、中部加姆萨尔传出爆炸声并冒出浓烟。德黑兰西部也再次传出爆炸声。同日，联合国安理会计划就以色列与伊朗局势举行公开会议。

伊朗最高领袖哈梅内伊的国际事务高级顾问阿里·阿克巴尔·韦拉亚提发表声明，指责美国参与了以色列对伊朗的袭击。他指出此次袭击发生在国际原子能机构理事会通过反伊朗决议后，以及第六轮伊美核谈判即将开始之前，并将其描述为以色列面对伊朗日益增长实力时“绝望和恐惧”的表现。他表示，当前伊朗伊斯兰革命卫队正在准备回应。

两名美国官员透露，为应对以色列袭击伊朗及伊朗可能采取的报复行动，美国正调动其在中东的军事资源。美国海军已指示“托马斯·哈德纳”号驱逐舰驶往东地中海，并派遣第二艘驱逐舰待命。美国总统特朗普当天上午与国家安全委员会负责人会面，讨论当前局势。此外，美国国务院于12日成立了一个特别工作组，负责跟踪事态发展并协调从中东撤离的工作。特朗普与以色列总理内塔尼亚胡多次通话，包括在以色列对伊朗发动打击之前。

以色列总理内塔尼亚胡发布视频声明称，以色列已摧毁了伊朗纳坦兹的铀浓缩设施。他认为现在必须假设伊朗会作出回应，只要有必要，行动就会继续。他还表示，由于伊朗急于制造武器，以色列采取行动是必要的。伊朗原子能组织负责人贾法尔·米亚德法尔则表示，纳坦兹核设施遭受的袭击只造成了地面破坏，没有造成人员伤亡。他表示此类恐怖主义行为不会破坏伊朗科学家的意志和进步，伊朗的核计划将继续坚定不移地推进。

一名以色列高级安全官员透露，以色列欺骗了伊朗空军高级指挥官让他们聚集开会，随后对伊朗革命卫队地下指挥中心进行了定点打击，导致多位空军领导人死亡。以色列国防部长办公室发布声明称，伊朗伊斯兰革命卫队空军大部分领导层在空袭中被打死。袭击发生时，这些高层官员正在一个地下指挥中心召开会议。以色列情报部门确认伊朗伊斯兰革命卫队空军最高指挥部正在地下聚集，准备进攻以色列。随后，以色列空军战斗机袭击了伊朗伊斯兰革命卫队空军司令阿米尔·阿里·哈吉-扎德、无人机指挥部司令塔赫尔-普尔和防空指挥部司令达乌德·希希安。

中国现代国际关系研究院中东研究所副所长秦天认为，这次以色列对伊朗的袭击范围和力度都大大超过以往，主要针对伊朗的核设施。这触及了伊朗的核心利益，因此伊朗的报复不可避免且强度较大。伊朗可能会对以色列进行大规模导弹和无人机攻击，并可能将报复目标延伸到美国在中东的军事基地或相关油轮。此外，伊朗还可能退出正在进行的美伊核谈判，甚至彻底退出《不扩散核武器条约》。这种综合性危机不仅涉及军事层面，还包括核不扩散领域，使得中东局势更加紧张。