景祐二年（１０３５）七月戊申，赵祯废西京采柴务，以山林赋民，官取十之一等。但土地兼并渐趋严重，官吏、军队员额和俸饷大增，冗官、冗兵、冗费严重。时西夏强盛，宋、夏之间战争频发，三川口之战，好水川之战和定川砦之战中，宋军皆大败，西夏伤亡亦重。庆历二年（１０４２），赵祯增加纳辽岁币。次年，又以“岁赐”银、绢、茶等与西夏议和，辽亦乘机屯兵边境，索取关南地。赵祯在政治上受因循苟且相习成风的局限，虽曾起范仲淹任参知政事，进行改革（史称“庆历新政”），但在反对派攻击下，一些整顿措施也未能实现。皇祐三年（１０５１）五月乙亥，赵祯“颁《简要济众方》，命长州县长吏按方剂以救民疾”。嘉祐三年（１０５８），王安石曾上万言书，主张改革，但未能引起赵祯重视，社会矛盾加剧，出现积贫积弱的严重局面。

嘉祐八年（１０６３）三月辛未，帝崩于福宁殿，是年十月甲午葬永昭陵。共用天圣、明道、景祐、宝元、康定、庆历、皇祐、至和、嘉祐９个年号，在位４２年。

赵祯在位42年，期间不安于守成的现状，针对庆历年间农民起义和兵变在各地相继爆发以及日益严重的土地兼并、“三冗”（冗官、冗兵、冗费）的现象，也有志开展革新。他多次以“天下事责大臣”，意图有所作为。庆历三年（1043），赵祯授范仲淹为参知政事，又擢拔欧阳修、余靖、王素和蔡襄为谏官（俗称“四谏”），锐意进取。九月，在赵祯的责令下，范仲淹、富弼提出了“明黜陟、抑侥幸、精贡举、择官长、均公田、厚农桑、修武备、减徭役、覃恩信、重命令”的十项改革主张，欧阳修等人也纷纷上疏言事，赵祯大都予以采纳，并渐次颁布实施，颁发全国。由于新政触犯了贵族官僚的利益，因而遭到他们的阻挠。庆历五年（1045）初，范仲淹、韩琦、富弼、欧阳修等人相继被排斥出朝廷，各项改革也被废止，新政彻底失败。这次改革虽然失败，却为后来的王安石变法起到了投石问路的先导作用。

赵祯在位期间最主要的军事冲突在于西夏。夏景宗李元昊即位后，改变其父定难军节度使李德明（夏太宗）“依辽和宋”的国策，于宝元元年（1038）称帝，国号夏，史称西夏。宋夏间维持30年的和平政局再次破裂。从康定元年（1040）到庆历二年（1042）的3年中，宋、夏在三川口（今陕西延安西北）、好水川（今宁夏隆德西北）及定川寨（今固原西北）展开三次大战，宋军皆先胜后败。而西夏虽在宋夏战争中接连取得胜利，但自身亦伤亡近半，国力难支，且与辽国关系恶化。在受到重大损失的情况下，宋、夏终于庆历四年（1044）十月订立和约，史称“庆历和议”。自此后，维持了近半个世纪的和平。

赵祯执政时期，由于长期的和平局面，使宋朝的经济文化快速发展。天圣元年（1023），宋廷设益州交子务，正式发行交子（中国最早的纸币）。赵祯曾多次关心图书馆文化事业。景祐中，鉴于三馆秘阁藏书多谬乱不全，诏翰林学士王尧臣、史馆检讨王洙、馆阁校勘欧阳修等人进行编次和整理，于庆历元年（1041）成《崇文总目》66卷。该书为北宋一部重要的官修目录。北宋文人政治文化获得较大发展，“和而不同”的庆历士风得以彰显。此外，赵祯还非常关心医疗事业，对医学传承也具有强烈意识。天圣四年（1026），他认为针艾之法讲求精准，而前代古籍对穴位之描述纷繁错杂，易误导医者，故诏令王惟一主持铸造针灸铜人为范。王惟一又撰《铜人腧穴针灸图经》与之配合，由宋朝政府刻于石碑而颁行全国，为针灸发展做出了重要贡献。赵祯还善书法，史称其“天纵多能，尤精书学”，尤擅飞白体，《书史会要》称“埶遒劲，可入能品”。宫殿门观，多为其飞白书题榜。当时大臣的神道碑首，也多有其题字。赵祯晓音律，《宋史·乐志》载：“仁宗洞晓音律，每禁中度曲，以赐教坊，或命教坊使撰进，凡五十四曲，朝廷多用之。”

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